"Свапнул мкпп и полный привод" - т.е. был недоприводный автомат?
Если да, то датчик скорости там должен был быть один. На простой полноприводной мкпп он вроде тоже один (блокировка межосевого виской, сигналов/команд ей не надо - поправьте, если что-то путаю). Вот тебе и надо подключить датчик скорости новой коробки к проводу, который шел на датчик скорости АКПП и, скрестив пальцы, надеяться на равное количество импульсов на единицу пробега в акпп и мкпп. Что в субару вполне вероятно)).
А датчик нейтрали тебе для чего? Чтоб стартер работал? Возможно получится схему блокировки обмануть. Найди реле с надписью "starter inhibitor" (или что-то подобное) и попробуй вместо него влепить перемычку. Только сначала логику его работы выясни))