А стук слышен действительно из двигателя и как слушаете его выйдя из машины и заглянув в капот или слышите сидя за рулём. Я в том смысле может это не двигатель, а ваша новая - скорее всего контрактная Турбина. Незнаете же в каком она состоянии и правильно её подключили??? Возможно она уже подубита достаточно и появились большие люфты на валу, вот и кажется что стучит движёк, а на самом деле подстукивает Турбина. Ну как вариант.